Ciao!!
Quello che vuoi fare è fattibilissimo, devi riuscire a programmare bene i canali midi sulle rispettive tastiere, in modo che non suonino lo stesso suono, come dicevi tu.
In sostanza (non hon mai avuto nessuna di queste due tastiere, ma questi sono concetti "generali") devi creare una patch sul Motif con i suoni che devi usare in contemporanea (si chiamerà modalità COMBI-PERFORMANCE-MULTI, non so la definizione precisa per Yamaha) e settarli su due canali MIDI differenti (es.: Piano MIDI Ch.1 e Strings MIDI Ch.2).
A questo punto il primo lo suoni direttamente con il Motif, mentre, impostando la Gem di modo che trasmetta sul MIDI Ch.2, ti suonerà SOLO gli strings!!
Capito?
Manuali alla mano non dovrebbe essere davvero nulla di complicato...!