Visto che non specifichi il modello delle tue tastiere, anche la mia risposta sarà alquanto generica...
La cosa è fattibile, riorganizzando l'elenco delle patches su una e sull'altra tastiera, magari facendosi aiutare da un editor.
In altre parole, se per la canzone X hai bisogno della patch 001, sposterai in modo corrispondente le patches nell'altra tastiera, in modo che quando richiami la patch 001, venga richiamata l'analoga sull'altra.
La questione si complica alquanto se hai uno strumento Korg/Yamaha dove le Combinations/Performances non sono altro che dei "segna posto" per i Programs/Voices, cioè ricordano solamente la locazione numerica di Programs/Voices che le costituisce.
Puoi comprendere facilmente che "spostando" l'ordine di Programs/Voices, le Combinations/Performances si scombineranno tutte....
Altra possibilità, ma a mio avviso remota, portarsi in live un computer con sequencer dove nelle varie tracce sono registrati i rispettivi program changes ed i relativi CC#0 e #32 che verranno inviati quando serve.