Mi sa che hai un po' di confusione su cosa significa "registrare midi" e "registrare audio".
Quello che vuoi fare tu è una registrazione audio, necessiti di una scheda audio esterna a cui puoi collegare il tuo juno con i cavi jack e un software in grado di registrare quello che arriva dalla scheda a cui hai collegato il tuo strumento (tipo cubase, logic ecc...).
Quello che stai facendo te è una registrazione di eventi midi (note premute, quanto le hai premute, pedale sustain attivo o disattivo ecc...). Sicuramente il programma avrà associato al segnale "midi" che arriva dal juno un suono e sentirai quel suono che proviene dal software e non il suono del juno, perchè dal cavo midi non esce segnale audio.
Detto così non ci avrai capito gran che magari leggiti l'articolo che ti ho linkato sotto in cui si spiega la differenza fra un file midi e un file wav, se invece di "file" ci metti la parola "registrazione" nella parte iniziale magari intendi ciò che ti ho detto sopra.
differenza file mid e file wav